مؤسسة أهلية فلسطينية تعنى بالأسرى تبلورت نواتها الأولى داخل سجون الاحتلال الإسرائيلي، إذ أطلقها مجموعة من الأسرى عام 1992 ثم تطورت ورأت النور عام 1993، وسُجلت رسميا عام 1996 مع تأسيس السلطة الوطنية الفلسطينية. بدأت فكرة تأسيس نادي الأسير الفلسطيني مجموعة من أسرى حركة التحرير الوطني الفلسطيني (فتح) في سجن جنيد الإسرائيلي بمدينة نابلس شمالي الضفة الغربية عام 1992، وذلك بالتزامن مع التحضير لإضراب بهدف تحقيق مطالب تتعلق بتحسين ظروف الاعتقال. في مقال له على الموقع الإلكتروني للنادي، يقول الأسير السابق أمجد النجار إنه كان شاهدا على تأسيس النادي عندما كان أسيرا بسجن جنيد المركزي، مشيرا إلى أن البداية كانت بتبادل رسائل داخل الصف القيادي لحركة فتح داخل وخارج السجن حول فكرة إنشاء مؤسسة تعنى بشؤون الأسرى.

ويضيف أن الحركة الأسيرة بدأت عام 1992 التعبئة لخوض إضراب مفتوح عن الطعام انطلق يوم 27 سبتمبر/أيلول 1993 بمشاركة معظم السجون، وبعد أسابيع نجح في تحقيق معظم أهدافه، وبينها إغلاق قسم العزل في سجن الرملة ووقف التفتيش العاري وإتاحة إمكانية شراء المعلبات والمشروبات من متجر السجن. وبعد نجاح الإضراب -حسب مقال النجار- بدأ الإعداد الفعلي لإنشاء مؤسسة جماهيرية حاضنة لقضية الأسرى، فكانت "جمعية نادي الأسير أول مؤسسة ينشئها الأسرى أنفسهم داخل السجون، مما أكسبها تميزا ومصداقية وأبعادا عميقة في الوعي الفلسطيني والعمل المؤسسي". ويقول إن النادي بدأ بإمكانيات بسيطة وجهود ذاتية لمتطوعين دفاعا عن قضية الأسرى ولتحريكها أمام الرأي العام الدولي وفضح انتهاكات الاحتلال وجرائمه بحق الأسرى.

ولاحقا، وبعد تأسيس السلطة الفلسطينية، حصل النادي عام 1996 على ترخيص من وزارة الداخلية الفلسطينية بصفته جمعية أهلية، وأعلن أنه سيواصل عمله حتى رحيل الاحتلال. يتم اختيار مجلس إدارة النادي عن طريق الانتخاب. وقد جرت انتخاباته 8 مرات بين عام 1996 و2024. وينص النظام الأساسي للنادي على اجتماع مجلس الإدارة مرة كل شهر لمتابعة خطط ا