وفاز في الشوط الثاني بنسبة 52.84% على أحمد ولد داداه الذي حصل على 47.15%. وتولى الرئاسة رسميا في 19 أبريل/نيسان 2007. ومن أبرز من سانده في حملته الرئاسية بعض أعضاء المجس العسكري للعدالة والديمقراطية الحاكم وخصوصا قائد الحرس الرئاسي العقيد محمد ولد عبد العزيز ومدير الأمن الوطني العقيد محمد ولد الغزواني كما صرح هو نفسه بذلك للجزيرة.

وقد رقاهما بعد توليه الحكم إلى رتبة جنرال وهي أعلى رتبة في الجيش الموريتاني. لكن علاقته بهما تأزمت لتنتهي بإقالتهما يوم 6 أغسطس/آب 2008، فأطاحا به بعد ساعات من إعلان مرسوم إقالتهما وشكلا مع 11 ضابطا هيئة استولت على السلطة، أطلقوا عليها المجلس الأعلى للدولة.