يُعَد مبنى الزاوية الخُتنية أحد معالم القدس العريقة التي بُنيت في عهد الدولة الفاطمية، ويُطلَق عليها المكتبة الخُتنية أو المدرسة الخُتنية. أعاد إنشاءها القائد صلاح الدين الأيوبي وأقام فيها زاوية، وذلك في إطار عمله على تحصين وصيانة سور مدينة القدس بعد تحريرها من الصليبيين. وكان لهذه المكتبة دور كبير في الحركة الفكرية بمدينة القدس، وقد تولى مشيختها والتدريس فيها عدد من كبار العلماء.

أقام القائد صلاح الدين الأيوبي الزاوية الخُتنية خلف محراب المصلى القبلي في المسجد الأقصى المبارك في الجهة الغربية مباشرة، ولها مدخل على يمين المنبر، إضافة إلى مدخل أسفل المصلى القبلي من الجهة الشمالية. وتقع المكتبة في الجهة الجنوبية من المسجد الأقصى المبارك، ويتم الوصول إليها عبر الدرج الموجود أمام المصلى القبلي، الذي يؤدي إلى رواق طويل ينتهي ببوابة عملاقة من الأبواب المغلقة قديما تعرف بباب النبي. وتؤدي هذه البوابة إلى الزاوية الخُتنية التي أصبحت تقوم مقام مكتبة.

جاءت تسمية الزاوية الخُتنية نسبة إلى عالم جاء من تركمانستان شمالي إيران، ففي عام 1345 م جاء إلى مدينة القدس الرحالة ابن فضل الله العمري، وزار الزاوية -التي كانت تسمى حينها الخانقاه الصلاحية– وقال إن بها شيخا يُعرف بالخُتني، وإن الزاوية أصبحت تُعرَف نسبة له باسم الزاوية الخُتنية. أُنشئت الزاوية الخُتنية في البداية على يد الدولة الفاطمية، وأوقفها صلاح الدين الأيوبي عام 587هـ1191م، للشيخ جلال الدين أحمد بن محمد الشاش ليتعبد فيها، ويلقي دروسا في العلم. يعود تاريخ بناء الزاوية إلى الفترة الفاطمية، وكانت جزءا من استعدادات الحامية الفاطمية لتحصين أبواب الأقصى ومدينة القدس قبيل الغزو الصليبي.

فقد بُنيت في البداية حصنا صغيرا وبرجا دفاعيا يحمي باب النبي (الباب المزدوج)، ثم كان احتلال المدينة من قبل الصليبيين ودام 88 عاما، حتى حررها الأيوبيون بقيادة صلاح الدين الأيوبي، وأمر بتحويل هذا الحصن إلى زاوية للصوفية، فكان أول من تولى مشيختها الشيخ أبو بكر