يتكون نهر النيل من رافدين هما: النيل الأبيض وينبع من هضبة البحيرات (بحيرة فيكتوريا)، والنيل الأزرق ويبدأ من إثيوبيا بحيرة (تانا)، ويعتبر نهر "لوفيرونزا" في بوروندي هو أقصى مصادر النيل جنوبا، وهو أحد روافد نهر "كاجيرا" الذي يصب في بحيرة فيكتوريا التي تعتبر المصدر الأساسي لمياه النيل الأبيض وهي ثاني أكبر بحيرة عذبة في العالم. وتقع هذه البحيرة في منطقة غنية بالمستنقعات على حدود كل من أوغندا وتنزانيا وكينيا ويقطعها خط الاستواء، وتعتبر ثالث البحيرات العظمى، ومنها يمر النهر إلى بحيرة كيوجا ثم إلى بحيرة "ألبرت"، ويصل إلى جنوب السودان عند مدينة نيمولي، حيث يمر عبر شلالات "فولا"، ليعرف عندها باسم "بحر الجبل". يدخل النهر بعد ذلك منطقة المستنقعات الكثيفة، ويتفرع منه بحر الزراف، ثم يتصل بعدها ببحر الغزال، ثم بنهر "السوباط" الذي ينبع من هضبة الحبشة، ثم يستعيد مساره نحو الشمال، ويعرف فيها باسم "النيل الأبيض" ويستمر في مساره حتى يمر بالعاصمة السودانية الخرطوم.

يشكل النيل الأزرق 85% من المياه المغذية لنهر النيل، وتصل هذه المياه إليه أثناء سقوط الأمطار الموسمية علي هضبة الحبشة في الصيف فقط، وهو ما يعرف بفيضان النيل، بينما لا يشكل في بقية أيام العام ذات النسبة حيث تقل المياه. ينبع النيل الأزرق من بحيرة "تانا" في مرتفعات إثيوبيا وتغذيه بـ7% فقط من إيراده في المتوسط، والمتبقي من عدد آخر من الروافد، ويلتقي بنهري الرهد والدندر داخل أراضي السودان، ويستمر في مساره حتى يلتقي بالنيل الأبيض في منطقة المقرن بالخرطوم ليشكلا معا -من تلك النقطة مرورا بأراضي مصر وحتى المصب في البحر المتوسط- ما يعرف باسم "النيل". ثم يعبر الحدود السودانية المصرية، ويستمر في مساره حتى يصل إلى بحيرة ناصر، وهي بحيرة صناعية تقع خلف السد العالي، وفي عام 1998 انفصلت بعض أجزاء هذه البحيرة غربا -في الصحراء الغربية- لتشكل بحيرات توشكي.

بعد بحيرة ناصر يتجه شمالا ليتفرع إلى فرعين: فرع دمياط شرقا، وفرع رشيد غربا، ويحصران فيما بينهما