هيئة أمنية نظامية تتبع الرئيس الفلسطيني الذي يصدر القرارات اللازمة لإدارة عملها وتنظيم شؤونها، وهي الجهة المكلفة رسميا بممارسة الأنشطة والمهام الأمنية خارج الحدود الجغرافية لفلسطين. وبعد اتفاق أوسلو عام 1993 وتأسيس السلطة الفلسطينية، تأسس جهاز المخابرات بقرار من الزعيم الراحل ياسر عرفات، وضم أعضاء الجهازين السابقين وأعضاء في حركة فتح. الهيكلة حدد قانون المخابرات العامة رقم (17) لسنة 2005 الصادر عن الرئيس الفلسطيني محمود عباس، تبعية الجهاز كهيئة أمنية نظامية إلى الرئيس، تؤدي وظائفها وتباشر اختصاصاتها وفقا لأحكام القانون برئاسة رئيسها وتحت قيادته، وهو الذي يصدر القرارات اللازمة لإدارة عملها وتنظيم شؤونها كافة.

يعين رئيس جهاز المخابرات العامة بقرار من الرئيس الفلسطيني، وهو بدرجة وزير، ومدة تعيينه ثلاث سنوات ويجوز تمديدها لمدة سنة فقط، وهو اليوم اللواء ماجد فرج. كما يعين نائب رئيس الجهاز بقرار من الرئيس، ويكون التعيين في وظيفة مدير دائرة من دوائر المخابرات العامة، بقرار من رئيسها. ووفق نفس القانون تتكون المخابرات من رئيس ونائب وعدد كاف من الضباط والأفراد اللازمين لتسيير العمل، وفقا للهيكل التنظيمي الذي يصدره الرئيس وتسري أحكام هذا القانون على جميع العاملين فيها.

قادة الجهاز تعاقب على رئاسة الجهاز عدة شخصيات، منهم: اللواء أمين الهندي الذي تولى رئاسته منذ قيام السلطة الفلسطينية إلى أن عزل في أبريل/نيسان 2005 ضمن تغييرات في الأجهزة الأمنية أجراها الرئيس محمود عباس وقتئذ، جاءت بالعميد أحمد شنيورة الشهير باسم "طارق أبو رجب" إلى رئاسة الجهاز في 23 أبريل/نيسان 2005، لكنه تعرض لمحاولة اغتيال بعد نحو عام من توليه منصبه وذلك بتفجير مصعده في مقر المخابرات في غزة. وفي أغسطس/آب 2007، عين الرئيس الفلسطيني اللواء توفيق الطيراوي رئيسا للجهاز، بعد فشل أبو رجب في مواجهات يونيو/حزيران 2007 وسيطرة حماس على قطاع غزة، بما فيها المقار الأمنية. وبعد نحو عام من توليه المنصب، أقيل الطيراوي وعين مستشار