أدى اليمين الدستورية نائبا عاما في يوليو/تموز 2013 أمام الرئيس المؤقت عدلي منصور خلفا لزميله المستقيل المستشار عبد المجيد محمود ليكون النائب العام الثالث بعد ثورة 25 يناير. التجربة القضائيةمنذ توليه منصبه عقب الانقلاب العسكري بقيادة عبد الفتاح السيسي، عمل بركات على ترسيخ أركان النظام الجديد، مستعملا صلاحياته في الزج بمناهضي الانقلاب في السجون. فبعد شهرين من تعيينه، وتحديدا في سبتمبر/أيلول 2013، أحال المدعي العام الرئيس المعزول محمد مرسي و14 من أعضاء وقيادات الإخوان المسلمين إلى محكمة جنايات القاهرة بتهمة "التحريض على القتل وأعمال عنف" في ما يعرف بـ"أحداث الاتحادية" التي وقعت في 5 ديسمبر/كانون الأول 2012.

تولى كذلك مجموعة من القضايا من بينها قضية هروب المساجين من سجن وادي النطرون، وأصدر قرارا بإحالة مرسي إلى محكمة الجنايات بتهمة "التخابر مع منظمات أجنبية بغية ارتكاب أعمال إرهابية". كما أصدر قرارا بالتحفظ على أموال عدد من القيادات الإسلامية من بينهم المرشد العام لجماعة الإخوان المسلمين محمد بديع ونائبيه خيرت الشاطر ومحمد رشاد بيومي والقيادي بالجماعة محمد عزت إبراهيم والمرشد السابق مهدي عاكف. وفي المحصلة، أحال بركات الآلاف من معارضي الانقلاب للمحاكمة، وصدرت أحكام بالإعدام على مئات منهم.

خلال زيارته لفرنسا، قدم فريق محامي المنظمة العربية لحقوق الإنسان في بريطانيا في 13 مارس/آذار 2015 شكوى للمدعي العام الفرنسي ضد بركات بتهمة الاشتراك مع آخرين في ارتكاب جرائم قتل جماعي وتعذيب مواطنين مصريين عقب تعيينه نائبا عاما في 10 يوليو/تموز 2013 وطالب المحامون بسرعة إلقاء القبض عليه قبل مغادرته الأراضي الفرنسية. وبين فريق المحامين في الشكوى أن النائب العام المصري أصدر أمرا بناء على طلب من وزارة الداخلية بتاريخ 30 يوليو/تموز 2013 بفض اعتصامات معارضين للنظام بميادين رابعة العدوية والنهضة في القاهرة والقائد إبراهيم بالإسكندرية وغيرها من ميادين اعتصام المعارضين. وترتب عليه قيام قوات الأمن باله