التوجه الأيديولوجي لم يعرف للرجل توجه أيديولوجي محدد، واختلف وصف خصومه له بين قائل إنه "إسلامي متشدد"، وقائل إنه "قومي عرقي متشدد" لكن دون أدلة تثبت ذلك. الوظائف والمسؤوليات التحق بخاري بالسلك العسكري مبكرا، وخدم في مناصب مختلفة ضابطا في الجيش، من بينها الحاكم العسكري لمنطقة شمال شرق نيجيريا المضطربة. وقد تولى الحكم في نيجيريا في غرة يناير/كانون الثاني 1984 بعد انقلاب على أول حاكم مدني هو شيخو شجاري، واستمر في الحكم عشرين شهرا قبل أن ينقلب عليه قائد الجيش إبراهيم بابا نجيدا.

التجربة السياسية اقترن اسم محمد بخاري بعدد من الانقلابات العسكرية، من بينها انقلاب مضاد عام 1966، قتل خلاله الحاكم العسكري أغويو إيراونسي. انقلب في بداية يناير/كانون الثاني 1984على أول حاكم مدني هو شيخو شجاري بعد وصفه بأنه "فاسد" و"غير كفؤ". استمر في الحكم نحو عشرين شهرا قبل أن ينقلب عليه قائد الجيش إبراهيم بابا نجيدا ويضع حدا لنظامه في أغسطس/آب 1985، ويحيله إلى الإقامة الجبرية التي قضى فيها فترة طويلة.

عرف بخاري بالنزاهة والاستقامة في بلد تنتشر فيه معدلات الرشوة والفساد، واشتهر خلال فترة حكمه بقوته وصرامته وقبضته الحديدية، وحظي بشعبية كبيرة في الشمال ذي الغالبية المسلمة، وبشعبية أقل في مناطق المسيحيين الذين يساورهم الخوف جراء صرامته العسكرية وانتمائه الديني، رغم الانطباع السائد عنه من كونه من أنظف ساسة وجنرالات نيجيريا. شارك في الاستحقاقات الرئاسية التي نظمت بعد عام 1999 إثر عودة الحكم إلى المدنيين، واتجاه النخب السياسية نحو الانتخابات كوسيلة للتداول على السلطة بدل الانقلابات العسكرية. خاض سباق الرئاسة عام 2003 لكنه فشل ووصف الانتخابات بالمزورة.

بكى بخاري عام 2011 على الملأ عقب خسارته في الانتخابات، وقال إنها ستكون المرة الأخيرة التي يترشح فيها للانتخابات الرئاسية. اختارته جماعة "بوكو حرام" عام 2013، باعتباره مفاوضها المفضل، لكنه رفض العرض وتم استهدافه لانتقاداته اللاذعة لـلجماعة المذكورة. عاد وترشح