اتفقت دولتا السودان وجنوب السودان على إعادة فتح عدد من المعابر الحدودية بين الدولتين لتسهيل عملية التواصل بين الشعبين، وتنشيط الحركة التجارية بين البلدين. وتنتشر المعابر البرية والنهرية بين السودان وجنوب السودان على طول حدود تمتد على أكثر من 2000 كيلومتر، وتوصف بالحدود الأطول في المنطقة. ومن شأن إعادة فتح هذه المعابر الحدّ من مشاكل تهريب البشر والبضائع ونشاط الجماعات المتمردة، التي تتخذ من حدود البلدين المفتوحة منطلقا لنشاطاتها العسكرية المختلفة.

معبر جودةأكبر المعابر الحدودية بين البلدين، يربط بين منطقة جودة في ولاية النيل الأبيض السودانية المتاخمة لجنوب السودان، ومقاطعة الرنك في جنوب السودان. وتقطن حول هذا المعبر قبائل عربية سودانية مختلفة، بينما تقطنها من الجهة المقابلة في جنوب السودان قبيلة الشلك. معبر كوستي الجبلينمعبر مائي أو نهري يقع في ولاية النيل الأبيض ومنها يمتد إلى مقاطعة جلهاك فإلى مدينة ملكال في وسط جنوب السودان، تتقاسم الوجود حول هذا المعبر قبائل سودانية عربية متفرقة في مقابل قبائل الشلك والدينكا في الاتجاه الآخر من المعبر (جنوب السودان).

معبر الكويك ود دكونةيقع في جنوب كردفان إلى الرنك في جنوب السودان، تتقاسم الوجود حوله قبائل سودانية عربية رعوية من بينها قبائل سليم تقابلها في الناحية الجنوبية قبائل الشلك. معبر كاكا التجاريةيقع في جنوب كردفان ويربط بين منطقة أبو جبيهة السودانية ومنطقة كاكا التجارية إلى فشودة في وسط جنوب السودان. معبر تروجي يقع في جنوب كردفان، ويربط الولاية بمنطقة بانتيو في شمال دولة جنوب السودان، وتتقاسم الوجود حوله قبائل سودانية متفرقة مع قبائل الدينكا والنوير الجنوبية.

معبر هجليج يقع في جنوب كردفان ويربط الولاية بمنطقة بانتيو ربكونا في وسط جنوب السودان، وتتقاسم الوجود حوله قبائل المسيرية العربية السودانية في مقابل دينكا في جنوب السودان. معبر أبيييقع في منطقة أبيي ويربط بين منطقة أبيي (السودانية) المتنازع عليها بين الدولتين ومقاطعة أدوك ق