تعد موريتانيا ثالثة دولة عربية بعد مصر والأردن تقيم علاقات دبلوماسية مع إسرائيل على مستوى السفراء. بدأت العلاقات عام 1996 في عهد الرئيس معاوية ولد الطايع رغم الرفض الشعبي. وقد مرت تلك العلاقة بمحطات من أبرزها:في سنة 1996 بدأت العلاقات الدبلوماسية بين البلدين بتعيين غابيرل أزولاي مكلفا بالأعمال في المكتب الإسرائيلي في سفارة إسبانيا بنواكشوط، وعقد مؤتمر علمي سنة 1997 بكلية العلوم والتقنيات بجامعة نواكشوط تحت شعار (الإنسان، الماء، الكربون)، وشارك فيه ثلاثة إسرائيليين.

اتهمت المعارضة نظام الرئيس معاوية ولد الطايع عام 1998 بالتستر على دفن نفايات نووية إسرائيلية في الصحراء الموريتانية، وسُجِن المعارض السياسي أحمد ولد داداه وقادة آخرون في المعارضة إثر اتهامهم النظام بذلك. وفي نهاية أكتوبر/تشرين الأول 1998 زار وزير الخارجية الموريتاني شيخ العافية ولد محمد خونا إسرائيل وعين بعيد عودته رئيسا للوزراء. وأعلن في واشنطن في 27 أكتوبر/تشرين الأول 1999 عن رفع مستوى العلاقات الدبلوماسية بين البلدين إلى مستوى السفراء.

وقد أشرفت وزيرة الخارجية الأميركية السابقة مادلين أولبرايت على التوقيع على الإعلان بين وزيري خارجية الدولتين أحمد ولد سيد أحمد وديفد ليفي، حيث تم تعيين أفريد إيتان سفيرا لإسرائيل بنواكشوط. وفي نفس السنة استضافت مدينة أطار في شمال موريتانيا إسرائيليين في إطار ملتقى دعا إليه رجل أعمال موريتاني قريب من الرئيس الموريتاني السابق ولد الطايع تحت عنوان "الملتقى الدولي للنخيل الموريتاني". وإثر الملتقى مولت إسرائيل مشروعا صغيرا لحماية النخيل تحت غطاء برنامج الأمم المتحدة لمكافحة التصحر، وأصيبت واحات النخيل المعالجة بداء يعرف محليا باسم (البيوط).

كما ساهم الإسرائيليون بالتعاون مع رجل أعمال موريتاني في مشروع لزراعة البطاطس على النهر قدرت تكلفته بما يعادل 26 مليون دولار تقريبا. وراجت في موريتانيا سلع إسرائيلية من أهمها أجهزة "مودم" تصنعها شركة راد "RAD" الإسرائيلية وبعض الملابس الإسرائيلية