تخرج ناجي شحاتة من كلية الحقوق بجامعة القاهرة عام 1972. أدى الخدمة العسكرية بقوات الصاعقة، وبقي في الجيش إلى حدود عام 1978. عُيّن مديرا لنيابة الأحوال الشخصية، وشهد مساره المهني انعطافة بارزة عندما التحق عام 1979 بسلك القضاء بمحاكم شمال وجنوب القاهرة، ثم أصبح رئيسا لمحكمة استئناف أسيوط.

بعد دخوله مجال القضاء، كان عضوا بالمحكمة التي تابعت قضية تنظيم الشوقيين بالفيوم بداية الثمانينات من القرن العشرين، وقد أسس التنظيم -الذي وصف بالتكفيري- المهندس شوقي الشيخ الذي انشق عن تنظيم الجماعة الإسلامية. كما نظر شحاتة في قضية "السويركي" الذي اتهم بالجمع بين كثير من الزوجات إلى جانب التزوير. وبعد انقلاب 3 يوليو/تموز 2013 شغل منصب رئيس الدائرة الخامسة بمحكمة جنايات الجيزة المختصة بالنظر في قضايا الإرهاب وأحداث العنف والتجمهر.

ومن أبرز القضايا التي أشرف عليها قضية "غرفة عمليات رابعة"، وقضية "خلية الماريوت" التي حوكم فيها صحفيو الجزيرة. يرتبط اسم شحاتة بأحكام المؤبد و الإعدام في عدد كبير من القضايا الموكلة إليه، فهو القاضي الذي أحال أوراق 12 متهما إلى المفتي ليصادق على إعدامهم في قضية اقتحام كرداسة، وهو نفسه من أصدر حكما بإعدام 13 من قيادات الإخوان المسلمين من بينهم مرشد الجماعة محمد بديع في قضية مسجد الاستقامة. كما أشرف على قضية أحداث مجلس الوزراء التي اتهم فيها 268 شخصا من بينهم المعارض أحمد دومة الذي حكم عليه شحاته وعلى 229 آخرين بالسجن المؤبد، وبغرامة 17 مليون جنيه، كما حكم بمعاقبة 39 حدثا بالسجن 10 سنوات.

واشتهر شحاتة بكونه القاضي الذي حكم بإعدام 183 متهما، وأعطى 230 مؤبدا في 48 ساعة. بعيدا عن أحكام القضاء، عُرف عن شحاتة -الذي يقول عن نفسه إنه ناصري- المجاهرة بمواقفه السياسية، فقال في إحدى حواراته الصحفية إن أكثر ما يستفزه أثناء المحاكمة هتاف "يسقط كل قضاة العسكر"، ووصف ذلك بقوله "أعتبرها كلاب تعوي". كما أكد أن لا علاقة له "بما يسمى البرادعي ولا حمزاوي و6 أبريل، وذلك لسبب بسيط وهو ام