وألقت القبض عليه في سبتمبر/أيلول 2013. وقالت منظمة هيومن رايتس مونيتور (غير حكومية مقرها لندن) في تقرير بشأن حبارة نشر قبل إعدامه بيومين، إنه "أنكر أمام المحكمة صلته بالاتهام الموجه إليه". وكانت محكمة النقض -وهي أعلى محكمة للطعون في مصر– أيدت حكمين نهائيين بالإعدام بحق حبارة، أولهما في القضية المعروفة إعلاميا بـ"مذبحة رفح الثانية"، التي وقعت يوم 19 أغسطس/آب 2013، وثانيهما لإدانته بقتل شرطي شمالي البلاد في 2012، وفق مصدر قضائي.

وصادق عبد الفتاح السيسي على إعدام حبارة بعد مذكرة تطالب بذلك من وزير العدل حسام عبد الرحيم، ليكون الحكم الثامن البارز الذي ينفذ في عهده بحق مناهضين له. 17 مايو/أيار 2015"عرب شركس": ستة إعداماتنفذت أحكام الإعدام بحق ستة أشخاص في القضية الشهيرة باسم "عرب شركس" بعد تأييد المحكمة العسكرية العليا للطعون في مارس/آذار 2015 للحكم. وواجه المتهمون اتهامات من النيابة العسكرية، بينها الانتماء لجماعة أنصار بيت المقدس التي تنشط في سيناء وتحولت عام 2014 لاسم ولاية سيناء بعد مبايعتها تنظيم الدولة الإسلامية، وتنفيذ هجمات مسلحة بحق حافلات للجنود وقتل عدد منهم، وسط استنكار حقوقي لمسار القضية والتهم والحديث عن تلفيقات في الأدلة لإدانة المتهمين، حيث إن بعضهم كان بحوزة الداخلية وقت حدوث إحدى العمليات.

وقال بعض أقارب من نفذ فيهم حكم الإعدام في تصريحات صحفية حينها، إن ثلاثة من الذين أعدموا اعتقلوا قبل الواقعة بثلاثة أشهر في سجن العازولي العسكرى (شمال شرق)، وآخرون اعتقلوا قبل الواقعة بأربعة أيام، في حين تنفي السلطات المصرية هذه الروايات وتؤكد أن أدلة الاتهام ثابتة بحق المتهمين. 7 مارس/آذار 2015 واقعة بناية الإسكندرية: إعدام واحد نفذت السلطات المصرية أول حكم إعدام في عهد السيسي مرتبط بوقائع عنف بحق محمود رمضان بناء على حكم قضائي من محكمة النقض (أعلى سلطة قضائية للطعون) يوم 5 فبراير/شباط 2015، بتأييد حكم أول صادر من محكمة جنايات الإسكندرية يوم 19 مايو/أيار 2014 بإعدام رمضان ب