تقول الهيئة إن عمقها تمثله كل الدول الإسلامية، وأنها تحرص على ضمان عدم إضرار السعودية بالأماكن المقدسة، سواء تعلق الأمر بالإدارة غير الكفؤة، أو "أي نوع من الإدارة المبنية على سياسات مرتبطة بأفراد أو أشخاص متنفذين". ولم يذكر الملف التعريفي تفاصيل عن هيكلة الهيئة ومقرها وأعضائها. الأهدافتوضح الهيئة أن هدفها العمل على ضمان قيام السعودية بإدارة الحرمين والمواقع الإسلامية بطريقة سليمة صحيحة تحافظ على ماضي الإسلام وحاضره، وذلك من خلال تقديم النصح والمشورة للرياض عبر مجلس نصح إسلامي، وإشراك الدول المسلمين في إدارة المشاعر المقدسة.

كما تستهدف الهيئة وقف أشغال طمس الهوية الإسلامية في مكة والمدينة "والذي تقوم به السعودية بصورة محمومة من خلال التوسع العمراني الغير المحدود والذي قضى على الكثير من تلك المواقع، ومسح الوجود الإسلامي فيها". وتقول الهيئة في ملفها التعريفي إنها تهدف كذلك إلى منع استفراد السعودية بإدارة المشاعر المقدسة بما قد يؤثر على سلامة الحجاج والمعتمرين. أيضا، تشدد الهيئة على أن هدفها العمل على عدم إغلاق المشاعر "لأسباب غير مقنعة" مثل زيارة الشخصيات البارزة أو المشاهير أو ضيوف السعودية.

ومن أبرز الأهداف التي أعلنت عنها الهيئة رصد أي انتهاك تتورط فيه السعودية بحق أي حاج أو معتمر لدى زيارته للمشاعر المقدسة. ومن أهداف الهيئة كذلك الحرص على توزيع حصص الحج والعمرة على الدول المسلمة بشكل عادل لا محاباة فيه ولا وساطة. وواجهت السعودية انتقادات لاذعة من طرف هيئات حقوقية مختلفة بسبب تسييسها للحج، ومنعها أصواتا معارضة من أداء الشعائر المقدسة.

وخلال حصار قطر منذ 5 يونيو/حزيران 2017، تورطت السلطات السعودية في التضييق بمختلف الأشكال على الحجاج القطريين والمقيمين في قطر. فقد امتنعت وزارة الحج والعمرة في المملكة عن التواصل مع وزارة الأوقاف القطرية لتأمين سلامة الحجاج وتسهيل قيامهم بأداء الفريضة، متعللة بأن هذا الأمر في يد السلطات العليا بالمملكة، ومتنصلة من تقديم أي ضمانات لسلامتهم. ه