تضم ساحات الأقصى المبارك نحو 26 بئرا عامرة، فيها من الماء ما يكفى لسكان البلدة القديمة بالقدس وليس للمصلين الذين يفدون إلى الأقصى فقط. وهذه الآبار موزعة بين صحن الصخرة المشرفة في قلب المسجد الأقصى وباقي ساحات الأقصى، حيث يوجد منها ثمان فوق صحن الصخرة والباقي في الساحات المحيطة. بئر مئذنة باب الأسباطتقع هذه البئر جنوبي مئذنة باب الأسباط وعلى بعد يسير، وقد بلغ طول هذه البئر سبعة أمتار وعرضها أربعة وعمقها ستة، وقد بنيت حيطانها بالحجر.

بئرا المدرسة الغادريةتقوم هاتان البئران أمام المدرسة الغادرية على شكل مستطيل، ولهما فتحتان علويتان، وتحمل سقفهما أربع دعامات ضخمة، طولها معا 19 مترا وعرضهما 17 مترا، أما عمقهما فقد وصل إلى 14 مترا، وقد بُني السقف على شكل أقواس، وقد وقع بعضها في عام 1874م ثم رممت بعد ذلك. بئر باب حطةتقع هذه البئر جنوبي مطهرة باب حطة على حدود المصطبة، وهي صغيرة الحجم. بئر البائكة الشمالية الشرقيةتقع تحت مدخل البائكة الشمالية الشرقية، وهي عبارة عن غرفتين، ويبلغ طولها 22 مترا.

بئر المدرسة الأسعرديةتقع هذه البئر على حدود سور المسجد الأقصى غرب باب الملك فيصل تحت المدرسة الأسعردية، وهي صغيرة الحجم ومحفورة في الصخر. بئر الغوانمةتقع هذه البئر شرق مئذنة باب الغوانمة محاذية لسور المدارس في شمالها، وهي مستديرة الشكل وصغيرة الحجم. بئر باب الناظرتقع هذه البئر بالقرب من باب الناظر عند زاوية الرواق من دون المدرسة المنجكية (دائرة الأوقاف اليوم) الشمالية الشرقية، وهي متوسطة الحجم مستديرة الشكل، طولها ثلاثة أمتار وعرضها متران وعمقها 11.5 مترا.

بئر إبراهيم الروميتقع هذه البئر شمال باب الناظر بمحاذاة الرواق الغربي، وهي عبارة عن مجمع مياه كبير، بلغ عمقها 11 مترا غير منتظمة الجوانب، وأشبه بقبة محفورة في الصخر، يعود تاريخ إنشائها إلى عام 1935-1936م. بئر مصلى شعلانتقع هذه البئر في زاوية غربي صحن الصخرة الشمالي بمحاذاة مصلى وسبيل ومصطبة شعلان، وهي مستديرة الشكل، ويبلغ قطرها ثلاثة أمتار