مرت العلاقات الأميركية الإسرائيلية من أزمات سرعان ما تبددت لمتانة العلاقة الإستراتيجية التي تجمع الحليفين، وكان آخرها عدم استعمال واشنطن حق النقض (فيتو) أثناء مصادقة مجلس الأمن يوم الجمعة 23 ديسمبر/كانون الأول 2016 يدين الاستيطان الإسرائيلي. وفي ما يلي أبرز محطات التوتر بين الدولتين: 1975طالبت الإدارة الأميركية إسرائيل بالانسحاب من شبه جزيرة سيناء التي احتلتها في حرب 1967. لكن إسرائيل رفضت ذلك بدون اتفاق شامل مع مصر، فأبلغ الرئيس الأميركي يومها جيرالد فورد رئيس الوزراء الإسرائيلي إسحق رابين بأن واشنطن ستعيد النظر في علاقاتها مع إسرائيل، وأوقفت شحن الأسلحة إليها فانصاعت حكومة رابين ووافقت على الانسحاب تدريجيا من سيناء عام 1979 مع توقيع اتفاق سلام مع مصر.

وعرفت هذه الأزمة باسم "أزمة سيناء". 1985اهتزت العلاقات الأميركية الإسرائيلية على وقع فضيحة تجسس بعد توقيف المحلل في سلاح البحرية الأميركي جوناثان بولارد بتهمة التجسس لحساب إسرائيل، وحكم عليه عام 1987 بالسجن مدى الحياة لتسريبه معلومات سرية إلى إسرائيل. ولم تنته هذه الأزمة إلا بتعهد من الدولة العبرية بوقف كل نشاطاتها التجسسية في الأراضي الأميركية.

1990بدأت العلاقة بين إدارة الرئيس بوش الأب ورئيس الوزراء الإسرائيلي إسحق شامير بتوتر بعد انتقاد شديد من وزير الخارجية الأميركي يومها جيمس بيكر للإسرائيليين بخصوص الشروط لصنع السلام مع الفلسطينيين. وقال بيكر مقولته المشهورة "الجميع هناك (في إسرائيل) يعرف رقم هاتف وزارة الخارجية الأميركية إنه 1414-456-2020-1.. عندما تريدون السلام فعلا اتصلوا بنا".

حقبة أوبامافي عهد إدارة الرئيس باراك أوباما تعددت الأزمات مع الحكومة الإسرائيلية، واعتبرها البعض قضية شخصية بين أوباما ونتنياهو: 2010تدهورت العلاقات بين الطرفين عام 2010 حيث عبرت إدارة أوباما عن استياء كبير من إعلان حكومة بنيامين نتنياهو خلال زيارة جو بايدن نائب الرئيس الأميركي موافقتها على بناء 1600 وحدة سكنية في مستوطنة لليهود المتشددين ف