في 25 سبتمبر/أيلول 2003 وقع وفد الحكومة السودانية برئاسة على عثمان محمد طه النائب الأول للرئيس عمر حسن البشير ووفد الحركة الشعبية لتحرير السودان برئاسة جون قرنق بمنتجع نيفاشا الكيني اتفاقا بشأن الترتيبات العسكرية خلال المرحلة الانتقالية، وفي ما يلي نص الاتفاق: يتفق الطرفان أن يسري وقف إطلاق النار تحت رقابة دولية من تاريخ التوقيع على اتفاقية السلام الشامل. وسيقوم الطرفان بالتوصل إلى تفاصيل وقف إطلاق النار بمساعدة وسطاء الإيغاد والخبراء الدوليين. سيتم إنشاء وحدات مشتركة/مدمجة تتكون من أعداد متساوية من القوات المسلحة السودانية والجيش الشعبي لتحرير السودان خلال الفترة الانتقالية.

وستشكل هذه الوحدات المشتركة/المدمجة نواة جيش السودان عقب إجراء الاستفتاء إذا جاءت نتيجته مؤكدة للوحدة، وإلا سيتم حلها وإعادة دمج الوحدات المكونة في قواتها التي تتبع لها. تفصيل حول الوحدات المشتركة/المدمجة: أ. الصفة: يجب أن تكون لهذه الوحدات صفة جديدة بناء على عقيدة عسكرية مشتركة.

ب. المهام: ج. الحجم و الانتشار: سيتم تحديد حجم وانتشار الوحدات المشتركة/المدمجة خلال الفترة الانتقالية على النحو الآتي سيقوم الطرفان بتطوير عقيدة عسكرية مشتركة لتشكل أساسا للوحدات المشتركة/المدمجة وكذلك أساسا لبناء جيش السودان عقب الفترة الانتقالية إذا جاءت نتيجة التصويت في الاستفتاء لمصلحة الوحدة.

سيقوم الطرفان بتطوير هذه العقيدة المشتركة خلال عام واحد من بدء الفترة الانتقالية. وخلال الفترة الانتقالية سيتم تدريب الجيش الشعبي لتحرير السودان (في الجنوب) والقوات المسلحة السودانية (في الشمال) والوحدات المشتركة (في كل من الجنوب والشمال) على أساس هذه العقيدة العسكرية المشتركة. أ- لا يسمح لأي مجموعة مسلحة متحالفة مع أي من الطرفين بالعمل خارج القوتين المسلحتين.

ب- اتفق الطرفان على أنه يمكن دمج المجموعات المذكورة في البند 7 (أ) أعلاه والتي لديها الرغبة والأهلية يمكن دمجها في القوات النظامية لأي من الطرفين (الجيش والشرطة والسجون وحما