منذ الإطاحة به في انقلاب 3 يوليو/تموز 2013، مثل الرئيس المصري المعزول محمد مرسي أمام المحاكم المصرية في خمس قضايا، منها "أحداث الاتحادية" و"التخابر مع قطر"، وصدر بحقه حكم وحيد بالإعدام ألغي يوم 16 نوفمبر/تشرين الثاني 2016. "اقتحام السجون"21 ديسمبر/كانون الأول 2013: أحالت النيابة العامة المصرية مرسي و130 متهما آخرين إلى محكمة الجنايات بتهمة الهرب من سجن "وادى النطرون" إبان ثورة 25 يناير/كانون الثاني 2011 التي أطاحت بنظام حسني مبارك، ووجهت إليهم تهم "اقتحام 11 سجنا، وقتل ما يزيد على خمسين من أفراد الشرطة والسجناء، وتهريب ما يزيد على عشرين ألف سجين، والتعدي على أقسام شرطة". 16 يونيو/حزيران 2015: أصدرت محكمة جنايات القاهرة أحكاما بين الإعدام والسجن المؤبد بحق مرسي وآخرين في قضية "اقتحام السجون" المصرية (وادي النطرون) على خلفية تهم بينها الاعتداء على المنشآت الأمنية والشرطية وقتل ضباط شرطة إبان ثورة يناير 2011، وهو ما نفاه المتهمون وقتها.

15 أغسطس/آب 2015:قدمت هيئة الدفاع عن مرسي والإخوان طعنا لمحكمة النقض على الحكم الصادر من محكمة جنايات القاهرة، وأوصت نيابة النقض في 18 أكتوبر/تشرين الأول 2016 المحكمة بقبول الطعن بأحكام الإعدام وإعادة المحاكمة من جديد أمام محكمة جنايات أخرى. 16 نوفمبر/تشرين الثاني 2016: قضت محكمة النقض المصرية (أعلى محكمة للطعون في مصر) بإلغاء حكم الإعدام بحق مرسي وآخرين، وذلك في القضية المعروفة إعلاميا بـ"اقتحام السجون" (وادي النطرون)، وإعادة محاكمتهم أمام دائرة جنايات أخرى. "أحداث الاتحادية"تعود وقائع قضية "أحداث الاتحادية" إلى اشتباكات دامية وقعت في 5 ديسمبر/ كانون الثاني 2012، أمام قصر الاتحادية الرئاسي، بين أنصار لجماعة الإخوان ومعارضين لمرسي يرفضون إعلانا دستوريا أصدره في نوفمبر/تشرين الثاني من العام نفسه إبان حكمه.

سبتمبر/أيلول 2013:أحال النائب العام المصري الراحل هشام بركات قضية "أحداث الاتحادية" المتهم فيها مرسي و14 آخرين إلى محاكمة جنائية. 4 نوفمبر/