وللشبكة عدة أقسام رئيسية هي: قسم توثيق الضحايا، وقسم توثيق المعتقلين والمختفين قسريا، وقسم التقارير والدراسات، وقسم المرأة والطفل، وقسم التواصل الاجتماعي، وقسم المناصرة؛ بالإضافة إلى الأقسام الإدارية والفنية والداعمة. وتلتزم الشبكة -بحسب بياناتها- في إطار عملها اليومي بالتعريفات والتصنيفات الوارد في القانون الدولي لحقوق الإنسان، والقانون الدولي لحقوق الإنسان، وبالتصنيفات المتبعة من قبل الهيئات الدولية، وتعتمد من خلال عملها التعريفات التالية:– المجزرة: هي الحادثة التي يقتل فيها على الأقل خمسة أشخاص مسالمين دفعة واحدة.-المختفي قسريا: هو المعتقل الذي مضى شهر كامل على آخر معلومات موثقة وردت عن مصيره.